Một cuộc kiểm tra ADN vào tháng 2/2010 cho thấy một trong hai xác ướp nữ giới được chôn tại KV21 là mẹ của hai bào thai tại mộ của Tutankhamun, được gọi là xác ướp KV21A[11]. Người ta không có đủ ADN để chỉ ra rằng đây có thật sự là xác ướp của Ankhesenamun không. Người ta cho KV21 chính là Ankhesenamun bởi vì bà là người vợ duy nhất được biết đến của Tut.

Tuy nhiên có một điều lạ lùng là: Nếu xác ướp KV21A là của Ankhesenamun thì xác ướp tại KV55 không phải là của Akhenaten cha bà. Theo kết quả xét nghiệm ADN thì xác ướp KV21A là mẹ của 2 bào thai nói trên, nhưng không phải là con ruột của xác ướp tại KV55. Vì thế:

• KV21A không phải là Ankhesenamun mà là một người vợ không được biết đến của Tutankhamun.
• KV55 không chứa xác ướp của Akhenaten, mà là xác ướp của Smenkhkare, người được cho là anh em với ông.
• Cả hai xác ướp trên là của Ankhesenamun và Akhenaten, nhưng họ lại không phải cha con ruột